В процессе ассимиляции за счет низкомолекулярных соединений в клетках синтезируются высокомолекулярные органические соединения. В зависимости от источников веществ, которые поступают в организм из внешней среды и используются для ассимиляции, все организмы делятся на две большие группы: автотрофные и гетеротрофные. Автотрофные организмы получают из внешней среды неорганические вещества (СO₂, Н₂O, минеральные соли и др.) и из них синтезируют органические. К ним относятся все зеленые растения нашей планеты и некоторые бактерии. Гетеротрофные организмы не могут синтезировать органические вещества из неорганических, поэтому для процессов ассимиляции они нуждаются в поступлении органических веществ извне в виде пищи. Попадая в гетеротрофный организм, пища переваривается, т. е. белки расщепляются на аминокислоты, сложные углеводы— на простые и т. д. А уж затем из этих простых органических веществ в клетках гетеротрофных организмов осуществляются процессы синтеза сложных органических веществ, идущих на построение их тела.  К гетеротрофным  организмам относятся все животные, многие микроорганизмы и некоторые растения (например, грибы).